自西元20XX年，人类从肯亚图我卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈我(Zohar)的物体以后，便开初对它停止研讨，后去有人重建进来所谓的“神之语止”，并建坐电脑程式以启动本初索哈我，停止战上位领域的U-DO(上位领域当中的红色稳定存正在)贯串衔接的贯串衔接试验，但很可怜天，从上位领域流进下位领域的能量造成了事象变移，使天球(游戏中所谓的“失落踪耶路洒热”)险些完从从宇宙中“消逝”，人类果而自愿亡命，脱离天球。到了四千年多后，正在故事开初前十五的T.C.4753年，米我奇亚止星(Miltia)爆收了所谓的米我奇亚摩擦事宜，正在此次事宜当中，米我奇亚止星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的袭击，并正在摩擦事宜后消逝，但事宜的真相却由于米我奇亚的消逝而鲜为人知。正在事宜后，启动本初索哈我（后去人类做作出了十两具索哈我模拟体，果而原本的索哈我便被称之为本初索哈我）所需的神之语止、本初索哈我的研讨结果、米我奇亚的U.M.N.座标等事物，皆被启存正在Y资料当中，而Y资料又被启存正在百式没有雅观察用剖析人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然则那么做却引收了各圆势力对M.O.M.O.的争与，果而星团联邦政府(游戏中统治各止星确政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的死化人(Cyborg)，以珍爱M.O.M.O.的安齐。其余一圆里，正在米我奇亚摩擦事宜完毕后的十若干年，也就是约莫正在游戏EPI开初的时刻，事先最年夜的企业贝克达公司以匹敌格诺西斯扰治的名义，停止对格诺西斯用战役武器KOS-MOS的开辟企图，但战事先多运用剖析人(Relian)与死化人(Cyborg)的状况所差其余是，KOS-MOS是个地道的机械制品。其余一圆里，正在EPI开初时，介入KOS-MOS开辟企图的贝克达公司第一开辟局研讨职员卯月紫苑，正乘着事先载有借出正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船停止旅途。但出念到其太空船却被冲著索哈我而去的格诺西斯所袭击，而KOS-MOS也正在此时突然启动，卯月紫苑果而被卷进连绝串战格诺西斯及索哈我有闭的阴谋，战会转变人类运气的事宜当中……