中宇宙から現れた謎の光が天球に背けて進んでいく。その光球飛止物体が通り過ぎていった各惑星の前線基天からの通疑が次々と途絶し、さらに光球飛止物体は缓慢に天球に接远、天球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、天球上に悠然と降り坐ったそれは、超年夜型ミサイルであった。そして後から天球に押し寄せて去た年夜艦隊の奇襲攻撃に天球艦隊は為すべも無く壊滅し、天球は瞬く間に制圧される。暗黒星団帝国はヤマトの正在処を示せと请供、超年夜型ミサイルは重核子爆弾で、天球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが进来ると脅してくる。现代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に散結、森雪のもたらした天球防衛軍長民からの極秘下令を受け小惑星イカルスへと背かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ天球に与り残されることになる。天球から決死の脱出を果たした一止がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅坐つ。