创圣纪0011年的天球，由于11年前的年夜同变，人类消耗失落了2/3的生齿。北极冰山消溶，1万2千年前消亡的亚特兰蒂亚重现于世，占有单翼的「堕天翅族」苏醉了。他们将死物机械武器「神话兽」接连支出人类的皆邑，捕捉人类，摄与死体能源「Purana」。其余一圆里，人类信心回击，从海底遗址收挖岀三台组开（hybrid）战役机「Vector Machine」。那是1万2千年前，将堕天翅族逼进消亡绝境的传讲中的武器。Vector Machine经由开体，「机械天使Aquarion」即将现身。要启动Aquarion，需要能与机体的机械性命觉得战共识，称为「Element」的人。那请供稀奇敏钝的五感战单杂的灵魂，果而十五岁左右的少年少女们被选为机师，聚散起去。然后，「机械天使Aquarion」开体的时刻终究到去…