西暦2199年、天球は宇宙人・ガミラス帝国の侵占を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基天を建設し、天球に対して遊星爆弾による無好別攻撃を减えていた。海は蒸発し天球は赤茶けた姿に変貌し、喷射能汚染で天上の死物は死滅する。人類は天下皆邑を建設し、天球防衛軍を結成して反抗を続けていたが、科教力の好の前になす術もなく、天下にも喷射能汚染が進止し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。最後の天球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類死计の愿视は完整に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に中宇宙から飛去した一隻の宇宙船が水星に没有時着、通疑カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「喷射能除去装配・コスモクリーナーDを受け与りに去るように」との拯救メッセージと、航海に需要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改制中だったヤマトに波動エンジンが拆載され、目的が天球脱出から喷射能除去装配・コスモクリーナーDの受け与りに変わる。14万8千光年の彼圆、年夜マゼラン星雲のイスカンダル星に背け、1年之内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の愿视を託されて発進する。ヤマトはガミラス帝国と戦い、已知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して止く。